味方が編成した機体が倒されると、その機体が以後使用不可能になります。なお、パイロットはその後も使用が可能となります。
今まで育ててきた機体が破壊されて使用できなくなるため、育っている機体は倒されないように注意しましょう。
また、ストーリー上登場する機体は、○ボタンを押して操作する時に「！」マークが付いているようであれば、その機体が倒されるとゲームオーバーになります。ストーリー上重要なため、注意しましょう。
また、同じく「！」マークがつくものとして、自軍のマスターユニットも該当します。こちらも倒されるとゲームオーバーになるため、注意しましょう。